Botanický pôvod citrónovníka nie je presne známy. Pochádza z Ázie, odkiaľ sa vďaka aktívnym obchodným chodníkoch dostal v staroveku až do Stredomoria. Z pôvodne okrasné rastliny sa rýchlo vyvinula uznávaná liečivka. V stredoveku bol naopak kladený dôraz na chuťové vlastnosti plodov. Bytová kultúra citrónovníkov sa rozšírila až v polovici 19. storočia a to napodiv z Ruska.
Geneticky najstaršie rastliny sa podarilo objaviť na úpätí Himalájí a to konkrétne v Indii a Indočíne. Práve odtiaľto sa pravdepodobne citrónovník rozšíril do Číny, kde existujú písomné záznamy o jeho pestovaní a liečivom využitie už z doby 2 200 rokov pred naším letopočtom, archeologické nálezy však dokladajú využitie citrónovníkov ešte o 800 a možno aj viac rokov skôr. Čínske označenie pre citrón je limung, čo znamená užitočný pre matky. Citróny sa používali ako posilňujúci liek a tiež pri liečbe niektorých pľúcnych chorôb.
Príchod do Európy
Niekedy počas staroveku sa citrónovníky dostali až do Mezopotámie, kde bolo k ich pestovanie veľmi vhodné klímu. Egyptský faraón Menkaure (okolo 2500 rokov pr. N. L.) Používal zmes citrónovej šťavy a cesnaku pre udržanie vitality. Dožil sa 63 rokov, čo bol na vtedajšiu dobu naozaj úctyhodný vek. Egyptskí lekári používali citróny tiež ako prostriedok proti hnačke, vracanie a horúčke.
Od Egypťanov sa naučili citrónovník pestovať aj Gréci a od nich v 4. storočí pr. Kr. i Rimania. Vtedy sa citrónovníky začali konečne pestovať aj na území Európy. Podľa obľúbené báje jedli Gaia (bohyňa zeme) citróny práve vo chvíli, keď dostala správu o svadbe Jupitera a Juno, preto boli v Grécku citróny obľúbeným svadobným darčekom. Rimania predpisovali citrónovú šťavu ako liek proti otrave. Po úpadku antickej civilizácie sa na citrónovníky na nejakú dobu úplne zabudlo.
V 10. storočí citrón na svojich výpravách znovu objavili Arabi a priniesli ho do Palestíny. Odtiaľ sa v 14. storočí vďaka križiackemu ťaženie opäť dostal do Talianska. Kým arabskí lekári využívali plody citrónovníka na celý rad ťažkostí (od žalúdočných nevoľností a otráv až po liečení rezných zranení), v Európe boli citrónovníky cenené len ako okrasná drevina v parkoch a záhradách.
Zmenu priniesla až renesancia. Citróny boli vychvaľované ako zázračný liek proti moru. Hodili sa aj ako antiparazitikum (užívané vnútorne) a účinné diuretikum. Dvor francúzskeho kráľa si zvlášť obľúbil citrónovú limonádu ako osviežujúci a posilňujúci prostriedok.
Od komerčného pestovania až k bytovej kultúre
Citrónovník začali komerčne pestovať až v 18. storočí v talianskom Janove. Lákavé ovocie vychvaľovali obchodníci predovšetkým pre jeho kulinárske vlastnosti. Nastrúhanú kôru odporúčali ako skvelý prostriedok k dofarbeniu a ovoňanie cesta, šťavu seznávali ako vynikajúci k rybám a svetlým mäsám.
Početné objednávky ale prichádzali predovšetkým z Ruska, kde bol citrón využívaný ako účinný prostriedok proti skorbutu. Podľa nariadenia z roku 1757 mal každý námorník denne nárok na 30 gramov vylisovanej šťavy. Citróny pomáhali aj proti reumatickým bolestiam.
Najväčšie citrónové plantáže sa aj dnes nachádza v Taliansku. Najväčší podiel na produkcii citrónov však drží India (asi 16% celosvetovej produkcie) a hneď za ňou Mexiko (cca 14,5%). Medzi významné exportérov patrí aj Argentína, Čína, Brazília, USA a Turecko.
Aj tradície izbového pestovania citrónovníka pochádza z Ruska. V roku 1860 dostal obchodník I. S. Karachistov od tureckého pašu neobvyklý darček – rezne citrónovníka. Od neho sa rastlinky dostali až do mestečka Pavlov, kde sa prekvapivo dobre uchytili. Malé kompaktné stromčeky vzbudili medzi obyvateľmi veľký záujem. Vplyvom hustej mestskej zástavby neboli totiž u väčšiny domov povolené záhradky. Stromčeky kvitli a plodili aj v bytových podmienkach. Tie väčšie účinne zachytávali všadeprítomný prach.
Novo nadobudnuté skúsenosti si amatérski pestovatelia nenechali pre seba a záľuba v izbovom pestovaní citrónovníkov sa čoskoro rozšírila po celom Rusku, a odtiaľ ďalej do Európy. Len pre zaujímavosť, od roku 2005 je Pavlovský citrón (Pawlowski Lemon) jedným z oficiálnych symbolov mesta.